Смена движка во всех таблицах базы

SET @DATABASE_NAME = 'user_db';

SELECT  CONCAT('ALTER TABLE `', table_name, '` ENGINE=MyISAM;') AS sql_statements
FROM    information_schema.tables AS tb
WHERE   table_schema = @DATABASE_NAME
AND     `ENGINE` = 'InnoDB'
AND     `TABLE_TYPE` = 'BASE TABLE'
ORDER BY table_name DESC; 

user_db - имя БД, в которой нужно сменить движок.

SQL-запрос выше выведет другой SQL-запрос, который нужно будет выполнить для смены движка.